Museet ligger på Verkstadsgatan 6, endast ett stenkast från Norrtäljes centrum. Det är skyltat från Stockholmsvägen och ända fram till museet.

Lat: N 59º 45.343′
Long: E 18º 42.021′

Bilburna som kommer längs E18 söderifrån:
Håll utkik efter ICA Flygfyren, som ligger på Stockholmsvägens högra sida. Kör rakt fram genom trafikljusen vid ICA och sväng sedan in på den första avtagsvägen till höger: Rodengatan. Sväng därefter vänster in på Lennart Torstenssons väg och sedan höger in på Verkstadsgatan. Följ Verkstadsgatan tills den tar slut. Då är ni inne på fabriksgården.

Bilburna som kommer längs riksväg 76 norrifrån:
Följ riksväg 76/Västra vägen ända fram till stora rondellen vid södra infarten/Campus Roslagen. Kör mot centrum. Håll utkik efter ICA Flygfyren, som ligger på Stockholmsvägens högra sida. Kör rakt fram genom trafikljusen vid ICA och sväng sedan in på den första avtagsvägen till höger: Rodengatan. Sväng därefter vänster in på Lennart Torstenssons väg och sedan höger in på Verkstadsgatan. Följ Verkstadsgatan tills den tar slut. Då är ni inne på fabriksgården.

Kommer ni med buss från E18 (t ex från Stockholm eller Uppsala)? Kliv av vid hållplatsen Gustavslund. Fortsätt gå längs Stockholmsvägen i bussens färdriktning, över det bevakade övergångsstället och vidare till Rodengatan där ni svänger höger. Därefter tar ni till vänster in på Lennart Torstenssons Väg och sedan höger in på Verkstadsgatan, som ni följer tills den tar slut.

Kommer ni från Norrtälje centrum? Ta hissen i Norrtälje Museum och Konsthall som ligger på Galles gränd. Kliv av på översta våningen. Därifrån leder en kort gångramp in till Pythagoras Industrimuseum.

Parkering för museets besökare: Under sommarsäsongen är det ont om parkeringsplatser på fabriksgården. (Parkering för rörelsehindrade går dock att ordna). Det finns goda parkeringsmöjligheter i centrum, som ligger bara ett stenkast från Pythagoras.